Das „rassische“ Denken hielt dabei nicht nur bei vielen Gemeindemitgliedern Einzug in die Köpfe, sondern auch bei so manchem kirchlichen Funktionsträger. Bereits Anfang 1932 bildeten sich die nationalsozialistischen Deutschen Christen (DC). Bei den Wahlen am 30. November 1932 errangen sie im Durchschnitt ca. 30% der Sitze in den Gemeindekirchenvertretungen, dabei in Himmelfahrt sieben von 18 Sitzen. Die DC werteten dieses Ergebnis als ersten Sieg. Innerhalb der Gemeinden kam es zu regelrechten Kampagnen gegen missliebige Pfarrer oder Gemeindemitglieder, die schon bald erste Wirkungen zeigten. Pfarrer Paul Mendelsohn von der Weddinger Dankeskirchen-Gemeinde wurde wegen seines jüdischen Namens und seines jüdischen Großvaters so lange verleumdet, schikaniert und denunziert, bis er schließlich im Oktober 1933 seine zwangsweise Pensionierung hinnehmen musste. Ein ähnliches Vorgehen gab es auch innerhalb der Himmelfahrt-Gemeinde gegen Pfarrer Werder.
Werder, 1926 auf die erste Pfarrstelle berufen, wirkte hauptsächlich im Jugendheim in der Hussitenstraße 37, wo er Konfirmanden-Unterricht, Kindergottesdienste und Bibelstunden abhielt. Gegenüber den Deutschen Christen nahm er eine ablehnende Haltung ein, hatte dabei große Auseinandersetzungen mit seinen beiden Amtsbrüdern, Pfarrer Ippig und Pfarrer Korn. Doch auch in Himmelfahrt gab es eine Gemeinde der Bekennenden Kirche (BK), geführt von Pfarrer Werder. Als diese in einem großen Bibelstundenkreis begann, eine Rede des Berliner DC-Gauobmanns Krause als das zu bezeichnen, was sie war, nämlich eine Verkündung von Irrlehren, begann ein fast zwei Jahre dauernder Kampf der DC-Vertreter an der Himmelfahrt-Kirche gegen Pfarrer Werder, in dem mit Anzeigen, Verdächtigungen und Schikanen gearbeitet wurde. Die BK-orientierte Jugendarbeit des Pfarrers Werder im Jugendheim Hussitenstraße sollte vollständig ausgeschaltet werden. Die Übertragung des Erziehungsmonopols an die HJ bot eine willkommene Gelegenheit.
Der Gemeindekirchenrat stellte gegen Pfarrer Werder eine Anzeige wegen „Unwahrhaftigkeit, Untreue, Eigennutz und Hetze“. Im September 1934 erließ dann auch noch das Evangelische Konsistorium eine Verfügung, mit der Pfarrer Werder „vorläufig die Ausübung jeder Amtsverrichtung untersagt“ und gleichzeitig sein Gehalt gesperrt wurde. Die Nationalsozialisten in der Kirche schienen so am Ziel ihrer Bemühungen angelangt zu sein.
Doch auch die Bekennende Kirche blieb nicht untätig. Sie übernahm die Gehaltszahlung, half Pfarrer Werder seine Gemeindearbeit fortzusetzen, indem sie in der Stralsunder Straße einen leerstehenden Laden mietete (dort wurden Konfirmanden unterrichtet, Bibelstunden und Kindergottesdienste abgehalten und von Frau Werder die Frauenhilfe fortgeführt), und trug schließlich verschiedene Materialien zusammen, um so auf ein mögliches Disziplinarverfahren vorbereitet zu sein. Im Januar 1935 hob das Evangelische Konsistorium seinen Beschluss vom September 1934 wieder auf, Verfehlungen des Pfarrers Werder konnten nicht festgestellt werden, er war somit rehabilitiert.
Trotzdem wurden Pfarrer Werders Gottesdienste weiter bespitzelt. Deshalb erfuhr selbst der Vertrauteste nur so viel, wie er unbedingt wissen musste, um bei Verhören nicht zu viel preisgeben zu können. Verstärkt öffnete Werder seine Wohnung für Gemeindemitglieder. In einer persönlichen Atmosphäre konnte so auch der Konfirmandenunterricht stattfinden, ein Stück verbotene Jugendarbeit ersetzt werden. Als Verantwortlicher des Bruderrats der Bekennenden Kirche für den Kirchenkreis traf er sich mit anderen BK-Pfarrern regelmäßig in seiner Wohnung und besprach Gemeindeangelegenheiten, Tagesfragen und überregionale Ereignisse. Die Deutschen Christen aber blieben weiterhin stark, was sich insbesondere an der Wahl von Pfarrer Jebens auf die zweite Pfarrstelle an Himmelfahrt im Jahre 1939 ersehen lässt.
Die Gemeinde im Widerstand lebte von vielen einzelnen, bekennenden Christen. Bereit, auch Konsequenzen ihres Gehorsams gegenüber dem Evangelium zu tragen, stellen sie das dar, was wir heute kirchlichen Widerstand nennen. Sie handelten in einer schweren Zeit, folgend dem Maß ihres vom Evangelium geleiteten Gewissens, und waren so auch befähigt, Widerstand zu leisten. „Die bekennenden Gemeindemitglieder zur Zeit des Nationalsozialismus redeten nicht vom Widerstand. Sie lebten aus dem unverfälschten Evangelium.“